شهر بهاباد داراي سابقه طولاني است و دارای قدمتی دیرین همپای استان کهنسال یزد که بارها به دست جباران تاریخ و يا توسط عوامل طبيعي ویران و با تلاش و عزم راسخ مردم، تجدید بنا شده است. تا قبل از حمله مغول بر ايران بهاباد شهري آباد بوده و فرقه اسماعيليه در اطراف اين بخش قلعه هاي مستحكمي در ارتباط با قلعه طبس احداث نموده بودند. هلاكوخان براي سركوب اين فرقه به منطقه حمله برده و علاوه بر انهدام قلعه ها شهر را هم با خاك يكسان كرد. آثار خرابه هاي آن هنوز در چند كيلومتري شهر بهاباد فعلي به نام شهرك قرار دارد. قلعه هاي مخروبه به نام قلعه كافرها و گورهاي دسته جمعي آنان به نام گور كافران مشهور است. از حمله مغول تا دوران صفويه در رابطه با اين منطقه اطلاعات دقيقي در دست نيست و مطالب و مدارك تاريخي در مورد اين شهر توسط بعضي نويسندگان و مورخين نوشته شده كه از آن جمله مي توان كتاب امثال جامع جعفري نوشته تراب نائيني, بستان السياحه نوشته شيخ محمود شبستري, پاورقيهاي كتاب حماسه كبير نوشته پاريزي, كتاب تاريخ كرمان نوشته محمد علي خان وزيري, يادگارهاي يزد نوشته ايرج افشار و جامع مفيدي نوشته محمد مستوفي بافقي را نام برد كه از عظمت شهر بهاباد در آنها ذكر شده است.